Antiquité
La ville de Shkodra a été créée vers le IVe siècle av. J.-C. C'est le centre d'une tribu d'Illyriens, les Labeate. Pendant le règne du roi pré-romain Gentius (181-168 avant J.-C.), elle devient le chéf-lieu des tribus illyriennes. Des pièces de monnaies retrouvées à Shkodër, et sur lesquelles est gravé le nom de la ville, sont la trace la plus ancienne du nom la ville. À cette période, la ville est traversée par des voies militaires et commerciales importantes. En 168 avant J.-C. elle est conquise par les Romains.
Moyen Âge
Après la chute de l'Empire romain, et vers le VIe des tribus slaves venant du nord et bulgares venant de l'est arrivent dans les Balkans. Plusieurs déplacements de populations ont lieu, mais la population de base (illyrienne et qui par la suite fut appellé Arbëreshe et enfin Shqipetare (albanais), même bien réduite au fil des siècles reste la population principale de la ville. En 1040 elle est prise par les Serbes et elle devient le centre des Zeta. Au XIVe siècle av. J.-C. elle est choisie comme capitale par les riches et puissants féodaux albanais, les Balshaj. En 1436 elle est occupée par les Vénitiens, qui se retirent après deux révolutions populaires, en 1474 et 1478-79. Les Vénitiens, qui avaient tenu aux diverses tentatives de conquête ottomanes la cèdent par traité à l'Empire ottoman en 1479.
L'occupation ottomane
La ville se réduit énormément au point de devenir un village. Mais peu à peu durant les siècles d'occupation ottomane elle s'agrandit et devient une ville de 1800 maisons au XVIIe siècle. Au XVIIIe siècle la ville est chef-lieu de la partie nord de l'Albanie (partition réalisée, appelée « Paschallec » et administrée conjointement par les Ottomans et par les riches familles albanaises). La ville est administrée par la famille des Bushatllinj (1757-1831). Des révoltes populaires ont lieu en 1833-1836, 1854, 1861-1862 et 1869.
En 1718 quelques consulats étrangers s'y installent. La ville connaît sa plus grande période de développement économique au milieu du XIXe siècle. En 1870 le nombre des habitants était de 50 000. Elle devient un grand centre commercial pour la région balkanique occidentale avec environ 3500 commerces. Les industries de tannerie, textile, du tabac et de la poudre à canon s'y développent. Les principaux ports sont Oboti et surtout Ulqin et plus tard Shengjini. Avec l'aide des puissances occidentales, une école jésuite et un monastère franciscain sont créés.
Avec l'affaiblissement de l'Empire ottoman et son recul, les idées patriotes albanaises se développent de plus en plus à Shkodra. Il y fut même un acte de signature de la ville contre les décisions des grandes puissances occidentales (voir la Conférence des ambassadeurs à Londres de 1913).Les habitants de Shkodra organisés dans la Ligue de Shkodra prennent part à la lutte contre l'annexion de la région de Plava et Gucia (Kosovo) et de la région de Hoti et Grudes, et dans la guerre contre les Monténégrins qui s'emparèrent d'Ulqin (Ulcin en monténégrin).
Shkodra est aussi un grande centre culturel pendant tous ces siècles. On parle de la bibliothèque de la riche famille des Bushatllinj. Une société littéraire y existe, et différentes organisations culturels et sportives (les sociétés «Bashkimi » (l'Union) et « Agimi » (l'Aube)). Les premières revues albanaises diffusées à l'intérieur des frontières de l'Albanie sont imprimées à Shkodër. En 1878 on y fabrique la première bande musicale, et les photographes albanais de la famille Marubi y travaillient (la photothèque de ces photographes était très riche). C'est aussi à Shkodër que la Fête du Travail (le 1er mai) est fêtée première fois en Albanie.
Pendant les guerres balkaniques et la Première Guerre mondiale Shkodra devient un objectif pour la Serbie et le Monténégro. Ces derniers essaient de prendre la ville en 1912-1913 et pendant sept mois la lutte entre les habitants de la ville (les Albanais) et les armées serbes et monténégrines fut rude. En 1913 grâce à un traître (Esat Pashe Toptani) les armées serbes et monténégrines réussissent à entrer dans la ville et brûlent une bonne partie de la ville. Mais ils se retirent de la ville le 14 mai 1913 car la Conférence des Ambassadeurs à Londres attribue cette ville à l'Albanie, néanmoins sous administration internationale.
